学校经福建省编办批准成立继续教育中心，下设办公室、成教科和培训科，依托学校办学资源负责成人教育各专业、各层次、各类别的招生工作；承担成人学历教育和非学历教育的教学组织、学员管理以及函授站的建设与管理工作；组织实施校内外职业技能培训、认定和考点建设工作。

本中心设置的学历继续教育层次有自办函授大专和与本科院校联办函授本科。在专业设置方面充分依托学校传统专业和特色、师资等优势，设置成人“高起专”专科层次学历继续教育药学类、中医药类2个专业；与福建中医药大学、沈阳药科大学联办成人“专升本”本科层次学历继续教育中药学、药学、康复治疗学3个专业专业。依据学校办学层次、类型和特色，通过业余学习形式，在教学质量、学生管理等方面把好关，与学校的办学定位、办学要求和社会声誉保持一致。

本中心设立国家职业等级技能人才评价机构，为学生提供职业技能等级认定考核，实现毕业生“1+X证书”人才培养体系。本中心负责非学历教育的发展规划、制度建设、规范办学和质量保证，按照“管办分离”原则，明确中心为归口管理部门统筹工作，系部具体实施的二级管理体制。目前开设人社部批准的15个职业技能等级认定工种；2023年入围福建省人力资源和社会保障厅的“揭榜挂帅”职业技能培训项目（养老护理员、健康管理师两个工种）；承接福建省药师协会有关执业药师继续教育线下培训工作；积极开展红十字急救员培训考证，倡导“人人学急救、急救为人人”的社会文明风尚，2023年被福建省红十字会授予“红十字应急救护培训基地”；开办老年大学，积极推动终身学习型社会建设；与多家企业和机构建立了合作关系，共同培养人才，实现了校企双赢。