近年来，两岸合作交流不断加强，2010年12月，海峡两岸关系协会会长和台湾海峡交流基金会董事长江丙坤在台北举行第六次会谈，签署了《海峡两岸医药卫生合作协议》。双方同意就两岸医药品（指药品、医疗器材、健康食品（保健食品）及化妆品）的非临床检测、临床试验、上市前审查、生产管理、上市后管理等制度规范，及技术标准、检验技术与其他相关事项，进行交流与合作。在中药材质量安全保障措施、中医药诊疗方法研究、中医药学术研究及其他相关事项，进行交流与合作。
为落实《海峡两岸医药卫生合作协议》，并利用福建地缘优势，推进两岸医药品的进一步合作，福建省食品药品监督管理局承担了国家局的“对台食品药品监管合作策略研究”课题。2014年初，管理系作为执笔单位，承担了“对台食品药品监管合作策略研究”课题的研究工作。目前，课题进展顺利，已经基本完成前期工作，正加紧进行，以期顺利完成课题，为两岸医药品交流作出贡献。
